Für die Natura 2000-Gebiete werden Bewirtschaftungspläne erstellt, in denen die Schutzbedürftigkeit der jeweiligen Arten und Lebensräume und die Möglichkeiten zu ihrer Sicherung und Entwicklung beschrieben werden.

Die erforderlichen Maßnahmen für die einzelnen Gebiete und die Überwachung im Hinblick auf den Erhaltungszustand der natürlichen Lebensraumtypen und Arten werden von der oberen Naturschutzbehörde im Benehmen mit den kommunalen Planungsträgern unter Beteiligung der Betroffenen in Bewirtschaftungsplänen festgelegt. Die Durchführung der Maßnahmen zur Umsetzung der Bewirtschaftungspläne erfolgt vor allem durch vertragliche Vereinbarungen (siehe § 25 Abs. 2 und 3 LNatSchG).

Damit die Effizienz der Maßnahmen verbessert werden kann, sollen die Maßnahmen hinsichtlich ihres Aufwandes und der damit erreichten Ziele regelmäßig überprüft und untereinander abgeglichen werden.